Empiezo por lo que nos une
Si has llegado buscando una alternativa, lo primero que deberías saber es que FacturaDirecta es un programa serio. Lleva años, tiene su base de usuarios y hace bien lo que promete.
Las dos herramientas emiten facturas, gestionan clientes y productos, hacen presupuestos y cumplen Verifactu. Si alguien te dice que una de las dos no factura bien, desconfía.
Con lo cual la pregunta útil no es cuál es mejor —no lo son de forma absoluta— sino cuál encaja con cómo trabajas tú.